Сэм изо всех сил пытается забыть о конфликте в Мишн Сити и вернуться к нормальной жизни. Однако битва между Автоботами и Десептиконами, несмотря на гриф полной секретности, многое изменила. Агент Симмонс оставил службу. Его секретный Сектор 7 расформирован, на его месте возникло агентство НЕСТ. Его руководители — Леннокс и Эпс, уже вступавшие в смертельное противостояние с Десептиконами, сотрудничают с Автоботами, чтобы не допустить такого в будущем.

К сожалению, правительство не отдает себе отчет в том, что месть неминуема. Пытаясь получить полный контроль над военными силами страны и покончить с глупой (по его мнению) правительственной инициативой — агентством НЕСТ, советник по национальной безопастности Теодор Галловэй убежден в том, что угроза из космоса давно миновала и человечеству не должно быть дела до конфликта Автоботов и Десептиконов.

Жизнь налаживается, и годы, которые предстоит провести Сэму в колледже, обещают массу интересного, благодаря бойкому соседу по комнате Лео и не менее бойкой, но куда более интересной для Сэма новой знакомой Эллис. Но вдруг Сэма начинают посещать видения. Они поражают его подобно молниям, и Сэм хранит их в секрете, опасаясь, что причиной может оказаться случайно оставшийся у него после прошлого приключения осколок инопланетного энергетического куба.

Несмотря на далеко идущие планы, Сэм снова оказывается вовлечен в войну между Автоботами и Десептиконами. Он не сразу понимает, что именно он сам и является ключом к разрешению вселенского противостояния Добра и Зла. Сэм и его друзья: Микаэла, Оптимус Прайм, Бамблби, Айрон Хайд, парни из НЕСТ следуют семейному завету Уитвикки: Без жертв нет победы!